Das St. Walburga-Krankenhaus Meschede verfügt über die Hauptfachabteilungen Anästhesie und Intensivmedizin, Viszeralchirurgie und Koloproktologie, Unfallchirurgie und Orthopädie, Kardiologie, Gastroenterologie, Hämatologie und internistische Onkologie und Nephrologie.
Die Chefärzte der internistischen Abteilungen besitzen die volle Weiterbildungsermächtigung für die Basisweiterbildung Innere Medizin sowie die Facharztweiterbildungsbefugnis in der Hämatologie, Kardiologie, Gastroenterologie, Nephrologie und Intensivmedizin. Die medizinischen Abteilungen arbeiten organisatorisch und kollegial eng zusammen. Sie gewährleisten eine umfassende Weiterbildung in der Inneren Medizin nach einem gemeinsamen strukturierten Einarbeitungs- und Weiterbildungskonzept. Die Common Trunk Ausbildung erfolgt im Rotationssystem durch alle Fachabteilungen inkl. Intensivmedizin.